По описанному вами процессу есть несколько уточнений, вернее замечаний:
1. Время нахождения пищи в желудке зависит от ее состава. Пища, богатая белками будет находиться в желудке дольше, столько, сколько нужно, чтобы денатурировать белки до нужной кондиции.
2. Соляная кислота непосредственно не расщепляет белок, а создает нужную среду для активации пищеварительных ферментов, таких как пепсин.
3. Если учесть, что жизнь, есть форма существование белковых тел, то гнить будет и белок растительный и белок молочный, а не только из мяса.
4. Все процессы, включая микрофлору кишечника имеют место быть, но есть баланс всех процессов, который позволяет говорить о гомеостазе.