Во-первых, отвечу, что точного и однозначного механизма возникновения DOMS (delayed onset muscle soreness), она же крепатура, нет. Есть только догадки и одна из доминирующих, как вы указали, это микроповреждения мышечных волокон. Возникают они в ответ на нехарактерную нагрузку. Нехарактерность может проявляться и в интенсивности и в объеме, и в специфике движения.
Во-вторых, в мышцах действительно происходят серьезные структурные изменения, для чего предлагаю глянуть вот на эту микрофотографию:
из <url="http://jap.physiology.org/content/105/5/1620">вот этой вот статьи</url>.
Слева - мышечная ткань до нагрузки, справа - после электростимуляции, количество плюсов показывают степень повреждений. Рассматиривая все это в контексте тренировки, отдыха и вопросов (стоит ли тренироваться через боль), стоит вспоминать картинку про то, что происходит с вашими мышцами.

Не подготовитесь вы никак к этому, разве что вы на регулярной основе приседать на максимум, тогда и болей через время не будет, но с такими тренировками быстро вылезут другие проблемы.
Антон WasD а как думаешь, может стоит ограничить количество приседаний на максимум? Есть 2 варианта: поставить границу в количестве (скажем 100 раз) или во времени (максимум за 30 секунд). Очень часто ведь читаем про подобные казусы как у автора.

У вас, насколько я понимаю, есть время отстоя в конечных точках, тренировка в рамках 100-дневки занимает минут 30. Как по мне, вывод очевиден. Да и с такой работой у вас просто обязаны быть регулярные физические нагрузки, если не хотите иметь проблем со здоровьем.

Против этого комментария я ничего не имею.

Вы думаете на непрофильных форумах в интернете их больше чем в городской больнице? Даже если там очень низкоквалифицированный врач, он тем не менее 6-7 лет слушал профильные дисциплины. Даже если вы не доверяете вашим врачам, это не повод доверяться случайным прохожим. А вот задумайтесь еще над чем: откуда у вас хватает знаний, чтобы оценить врача? И почему этих знаний не хватает, чтобы решить проблему с плечом? Уж если и задавать вопросы в интернете, то на профильных медицинских форумах (где обычно вас посылают в больницу или как минимум просят показать определенные анализы, рентгенологические снимки, МРТ и т.д., т.е. опять таки посылают в медицинские учреждения).

Памятников не нужно, очень часто в таких беседах я сам начинаю лучше разбираться в нюансах или закрепляю, то что знаю. И боже упаси вам подумать, что я имею что-то личное против любого комментирующего, я всегда готов к дискуссии и искренне заинтересован в ней. Пусть уважаемая @Konoplya озвучит мои комментарии выше и продолжим дискуссию.
З.Ы. Заметьте, что автор до сих пор продолжает сбрасывать вес, причем по идее с той же скоростью, с которой он делал это предыдущий год. Т.е. вопрос скорее всего в усталости от диеты, чем в ее неэффективности.

Ремень - это ерунда, я не переключил на нейтралку, когда доехал до перекрестка, соответственно когда я отпущу сцепление, то заглохну. Понимаете в чем суть? Любой шаг влево-шаг вправо превращает для ученика весь процесс в мистику. Вы судя по всему тоже не до конца понимаете процесс с питанием, а заучиваете набор действий. И в случае с вождением и с питанием вас нужно научить базовым блок-схемам ключевых процессов, которые вы будете выбирать согласно ситуации, а не зазубривать (выжми то, дерни это).
К примеру пассаж о рисе и хлебе, к чему он? Или все рекомендации, которые против задержки воды? Автор же не сказал, что готовится к соревнованиям или у него есть неделя срока, чтобы выйти на нужный вес. Тогда зачем играть с продуктами, которые влияют на водно-солевой баланс, но имеют опосредствованное влияние на количество жировой ткани? Да, как вариант и это возвращает к тому, что заочные советы без виденья общей картины - это только способ направить мысль автора в нужную сторону.

Вспомнил анекдот "наверно печенькой отравился"

У вас спрашивают: как ездить на машине? А вы отвечаете: садишься, заводишь машину, нажимаешь левую педаль, переключаешь рычаг коробки передач влево-вверх, отпускаешь левую педаль, нажимаешь правую, подъезжаешь к перекрестку, отпускаешь правую, нажимаешь левую и среднюю до полной остановки, пропускаешь машины слева, рычаг слева от руля дергаешь вверх, поворачиваешь руль вправо, нажимаешь левую педаль, переключаешь рычаг коробки влево-вверх, нажимаешь правую, отпускаешь левую.
И вы хотите, чтобы человек везде ездил по этой инструкции?

Что ходить, что лежать - быстрее боль не пройдет. Но ходите аккуратней, риск падений не мифический.

Самый желаемый результат для худеющих (да и вообще для любого, кто хочет изменить свою жизнь) - это зафиксировать результат, и чтобы для его поддержания не приходилось терпеть и страдать.

Если бы я мог банить, я бы забанил.

Ничем, если вы подразумеваете адекватную замену для нижней части тела, лечите колено. Если врачи не запретят физическую активность - то после того, как вылечите, возвращайте приседания. В рамках 100-дневки приседания можно заменить на другое упражнение НЕ для плечевого пояса. Я бы заменил на наклоны на одной ноге.

От холодильника

Я здесь для того, чтобы разобраться в теме: чему отдать предпочтение - тренировкам в тренажерном зале или воркауту. Есть "за" и "против" и для того и для другого. Вы вступили в дискуссию, я вам задаю вопросы, вы не можете аргументировать свою позицию. Как-то так.